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La Cilindrospermopsina es una toxina natural producida por cepas de los géneros Cylindrospermopsis, Umezakia, Aphanizomenon, Anabaena y Raphidiopsis. Es un alcaloide tricíclico con un resto guanidínico central combinado con un grupo hidroximetiluracilo, de cuyas variantes la 7-epi-cilindrospermopsina, ha demostrado toxicidad, y la 7- desoxi-cilindrospermopsina, que parece no ser tóxica.

La exposición humana a cilindrospermopsina puede ocurrir a través de la ingestión de agua o alimentos contaminados y durante actividades recreativas en las que se ingiere agua. El contacto dérmico con puede ocurrir durante el baño o las actividades recreativas. Media su toxicidad inhibiendo la función hepática y son potentes inhibidores de la síntesis de proteínas y glutatión conduciendo a la muerte celular. Para protegerse contra los efectos adversos a la salud, muchos países están ampliando los programas de monitoreo para incluir cilindrospermopsina y estableciendo regulaciones.