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Los inmunoensayos pueden ser utilizados en la detección y caracterización de las toxinas de algas. El método más popular es el ELISA, cuya principal ventaja consiste en el corto período de tiempo que se necesita para identificar la toxina buscada.

Mediante la utilización de anticuerpos marcados con una enzima permiten visualizar la reacción Antígeno-Anticuerpo, tanto para la determinación de antígenos como de anticuerpos. La detección e identificación mediante métodos ELISA es más rápida, conveniente y específica que los métodos convencionales, permitiendo la detección simultánea de un gran número de muestras. Presentando una alternativa a los bioensayos utilizados como métodos de referencia para este grupo de toxinas, que solamente permite evaluar el efecto toxico de las mismas, pero no el contenido de toxinas individuales.